在核查申请机构子公司、分支机构、关联方过程中，关注是否存在已经有机构在协会登记为私募基金管理人或存在已从事私募基金业务但未登记为私募基金管理人的情况，并把握以下原则：

1、根据《私募基金管理人登记须知》规定，申请机构的子公司、分支机构或关联方中有私募基金管理人的，申请机构应在子公司、分支机构或关联方中的私募基金管理人实际展业并完成首只私募基金备案后，再提交申请机构私募基金管理人登记申请。
申请机构的子公司、分支机构或关联方存在已从事私募基金业务但未登记为私募基金管理人的情形，申请机构应先办理其子公司、分支机构或关联方私募基金管理人登记。

2、根据《私募基金管理人登记须知》规定，同一实际控制人下再有新申请机构的，应当说明设置多个私募基金管理人的目的与合理性、业务方向区别、如何避免同业化竞争等问题。
该实际控制人及其控制的已登记关联私募基金管理人需书面承诺，在新申请机构展业中出现违法违规情形时，应当承担相应的合规连带责任和自律处分后果。
同一实际控制人项下再有新申请机构的，申请机构的第一大股东及实际控制人应当书面承诺在完成私募基金管理人登记后，继续持有申请机构股权或实际控制不少于三年。

3、对于合理性问题，建议在承办相关业务过程中，应充分与申请机构展开访谈和核查，通过申请机构实际业务领域与关联方的业务领域差异来论证设置多个管理人的合理性问题，以及避免同业竞争，建立防范利益冲突的制度安排。