（1）管理费用及其他各项费用
　　管理费是运营ETF、复制基准指数的成本，也是基金管理人付出劳动所应得的报酬。管理费用一般占基金净值的一定比例，如美国ETF的年度管理费率一般占基金净值的0.08％～0.99％不等，管理费一般逐日计算、逐月计提。更为重要的是，管理费作为一种不可消除的成本因素，是单向发生的费用，因该费用而产生的跟踪偏离度是负值。该负向偏离的存在，只能减少复制组合的收益总值，这就是ETF跟踪偏离度在更多的时间里表现为负的根本原因所在。另外，其他包括印花税、扣缴税、经纪佣金、买卖报价价差、市场冲击成本、股利拖累成本、注册登记费、指数使用费以及其他交易成本等各项费用成本，在ETF复制基准指数时，也会带来一定负向偏离。因为基准指数作为一组由成分股构成的股票组合，其反映的是股票组合的市值，并不真正拥有一个真实的股票组合，因而也就不会面临着各种各样的税费。
　　（2）复制误差
　　基准指数中成分股数目的多少以及成分股的流动性因素会导致跟踪偏离度，如果成分股数量较少，则按照基准指数中的权重进行完全复制即可，如果成分股数量较多，就会出现在不影响成分股当前市价的情况下，因某些成分股流动性不足而难以买得到的现象。因此，对于这类基准指数，只能采用抽样复制法，增加交易活跃股票的权重，减少流动性差的股票权重。显然这种复制会不时偏离其基准指数，必然造成跟踪误差。一般来说，成分股数目较多的基准指数的跟踪误差要比成分股数目较少的基准指数的跟踪误差大，越接近基准指数权重的复制，跟踪误差越小。当ETF基准指数成分股公司发生合并或者接管等公司并购事件时，也会给ETF复制指数增加难度，从而加大跟踪误差。
　　（3）现金拖累
　　传统的指数基金组合中通常会持有小部分现金，这是因为：①不断有小部分现金流入到基金中来，并且这部分现金不会立即用于组合投资；②基金存小部分现金以备赎回之需或支付管理费之用；③成分股股票实行现金股利分红。虽然ETF与传统的指数基金不同，但有时也需要用小额现金来找赎。当基准指数收益率与这部分现金收益率不一致时，就会导致复制组合发生跟踪偏离度。而且，复制组合中持有的现金比例越大，跟踪偏离度也可能越大。